Le Collège souhaite encourager ses élèves qui disposent d'un talent particulier. Dans la mesure de ses possibilités, elle favorise la participation des étudiant(e)s à des programmes tels que Leonardo (UNIFR) ou Euler (EPFL) ou à des concours nationaux et internationaux comme les Olympiades d'informatique ou de physique.
 
En outre, l'école soutient plusieurs offres particulières, souvent en dehors du temps des cours, notamment l'Académie de Philosophie du Collège St-Michel, destinée aux étudiant(e)s et aux professeur(e)s. 

De plus, dans un objectif de différenciation de l'enseignement, le Collège propose un programme adapté aux étudiants d'un niveau de langue nettement avancé. Cette offre est facultative. Elle repose sur l'initiative de l'élève et sur la recommandation du professeur.

Le Collège propose également aux élèves de 4^e année un cours facultatif préparatoire aux certificats internationaux de langues (Cambridge, Delf-Dalf, Goehte-Zertifikat). Les inscriptions se font chez le proviseur concerné.